Pochodzenie natto nie jest jasne. Zgodnie z legendą zostało odkryte przez przypadek w północnej Japonii przez Minamoto Yoshiie. Ugotowane, ciepłe ziarna soi umieszczone na grzbiecie konia w worku ze słomy ryżowej zamieniły się w natto. Ciepło konia pomogło w procesie fermentacji. Więcej można przeczytać na stronie: https://www.soyinfocenter.com/books/151