Natto zawiera bakterie prebiotyczne Bacillus subtilis Natto, czyli tzw. dobre bakterie, od których zależne jest prawidłowe funkcjonowanie naszego organizmu.
Bakterie prebiotyczne wpływają na rozwój bakterii mlekowych i kwasu masłowego w jelicie grubym dzięki temu Natto wpływa na poprawę przemiany materii i obniżenie wagi ciała.